XVI съезд ЕАПОУ проходил в Московском государственном университете 27-28 ноября 2003 года в ходе работы II Международной конференции «Университеты и общество. Сотрудничество университетов в XXI веке», проводимой МГУ им. М.В.Ломоносова и Евразийской ассоциацией университетов в рамках юбилейных мероприятий, посвященных 250-летию Московского университета в соответствии с утвержденной распоряжением Правительства Российской Федерации Программой подготовки и проведения юбилейных мероприятий.
На конференции обсуждались важнейшие проблемы развития и углубления сотрудничества евразийских университетов, роль университетов в развитии фундаментального образования и фундаментальной науки, выработка единых подходов к образовательным стандартам и повышению качества образования в свете требований XXI века.
Евразийской ассоциации профсоюзных организаций университетов было поручено организовать секцию «Социально-трудовые отношения в университетах», которая состоялась 28 ноября. На заседании секции с докладами выступили: председатель МОП В.М.Березин; представители профсоюзных организаций Киевского национального университета им. Т.Г.Шевченко В.Ф.Цвых, В.Л.Марченко (МГУ), В.И.Дубянский (Воронежский государственный университет), И.В.Белоконь (Омский государственный университет), М.Т.Мукашева (Казахский государственный университет им. аль-Фараби), Н.Б.Сорокина (Пермский государственный университет), Т.В.Юдина (Волгоградский государственный университет), В.В.Александров (Рязанская государственная радиотехническая академия).
В работе XVII съезда ЕАПОУ приняли участие представители 32 университетов из 5 стран.