По предложению председателя профкома сотрудников Дагестанского университета Ахмеда Изиевича Алиева и руководства университета второй съезд Совета председателей профкомов был проведён 13-15 сентября 1989 года в Махачкале на базе Дагестанского государственного университета им. В.И.Ленина. Этот съезд сыграл исключительно важную роль в создании Ассоциации. В работе съезда принимали участие председатели профкомов 40 университетов из 9 республик СССР. В Махачкале был избран Президиум Совета председателей профкомов университетов страны. Успех съезда в Махачкале был во многом заслугой председателя профкома сотрудников Дагестанского университета Ахмеда Изиевича Алиева, ректора ДГУ Ахмеда Магомедовича Магомедова, а также председателя профкома студентов Магомеда Наби Мирзоевича Айбатова.
В повестке съезда стояли следующие вопросы: проблемы правовой и социальной защищённости членов профсоюза вуза; опыт решения социально-бытовых вопросов в университетах страны; роль профкомов в развитии процесса демократизации вузовских коллективов и выборы Президиума председателей профкомов университетов страны.
На заседании Совета председателей выступили: Васильев В.А. — председатель профкома Чувашского госуниверситета; Гаджиев С.М-С. — председатель Дагестанского Обкома профсоюза работников просвещения,Ю высшей школы и средних специальных заведений; Глебец В.И. — председатель профкома Иркутского госуниверситета; Гуськов В.П. — председатель ОПК МГУ; Еремеев С.Г. — председатель профкома Ленинградского госуниверситета; Калустьян Л.Х. — председатель Одесского госуниверситета; Котлобовский И.Б. — заместитель председателя ОПК МГУ; Магомедов А.М. — ректор Дагестанского университета, профессор, чл.-корр. АН педагогических наук; Мокрыну Р.И. — председатель профкома Львовского госуниверситета; Сербан Ф.И. — председатель студенческого профкома Киевского госуниверситета; Скотелис С.Ф. — председатель профкома Латвийского госуниверситета; Сотников М.И. — председатель профкома Воронежского госуниверситета; Цвых В.Ф. — председатель профкома Киевского университета; Урвачев Н.Г. — заведующий орготделом ЦК профсоюза работников народного образования и науки.
В Махачкале был избран исполнительный орган на время работы между съездами — Президиум Совета председателей профкомов университетов страны. Председателем Совета избран председатель ОПК МГУ В.П.Гуськов.
По итогам съезда были приняты документы: Обращение руководителей университетских студенческих профсоюзных организаций в Верховный Совет СССР и Открытое письмо председателю Государственного Комитета СССР по народному образованию и науке Г.А.Ягодину. В этих документах обращалось внимание руководства на ухудшающуюся социальную защищенность студентов и преподавателей.
Съезд убедительно продемонстрировал жизненную потребность и необходимость в объединении профкомов университетов страны. Гостеприимство дагестанской земли надолго запомнилось всем участникам съезда. По предложению председателя профкома сотрудников Самаркандского университета Мусы Мухаматовича Юлдашева местом проведения III съезда был избран Самаркандский государственный университет.
